Οι αγαπημένοι μας πιγκουίνοι από τη Μαδαγασκάρη επιστρέφουν δυναμικά με μία κωμική περιπέτεια αποκλειστικά αφιερωμένη στα κατορθώματά τους.

Ο Σκίπερ, ο Κοβάλσκι, ο Ρίκο και ο Στρατιώτης, οι απολαυστικοί φτερωτοί πράκτορες, αναγκάζονται να συνεργαστούν με την ειδική ομάδα Βόρειος Άνεμος, μία επίλεκτη μυστική οργάνωση αφιερωμένη στη βοήθεια των ζώων που δεν μπορούν να προστατέψουν τους εαυτούς τους, με επικεφαλή τον επιβλητικό λύκο Απόρρητο. Στόχος τους είναι να σταματήσουν τον σατανικό επιστήμονα Οκτάβιο Μπράιν, πριν προλάβει να καταστρέψει για πάντα τον κόσμο, όπως τον ξέρουμε.

Οι πιγκουίνοι, βασισμένοι στο ένστικτό τους, ταξιδεύουν από την Ανταρκτική μέχρι τη Βενετία και από τη Σαγκάη μέχρι τη Νέα Υόρκη σε ένα ταξίδι γεμάτο ξεκαρδιστικές κατασκοπικές περιπέτειες.